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「TMeV4」(2008/07/09 (水) 10:14:19) の最新版変更点
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<p>TMeV4の使い方</p>
<p>2008.7.9 松田</p>
<p>TMeV4は多機能だが低機能なマイクロアレイデータの解析ソフトウェアである。</p>
<ul><li>無料で使えること</li>
<li>タブ区切りファイルが読み込める事</li>
<li>いろんな解析ができる</li>
<li>画像ファイルが書き出せる事</li>
</ul><p>などの利点があり、とりあえずデータの様子を見てみるのに大変便利である。</p>
<p>TMeVで当たりを付けてから、R, GeneSpring等のソフトできれいな図にするというのがよさそう。</p>
<p>以下にその簡単な使い方を紹介する。</p>
<p> </p>
<p>インストール</p>
<blockquote>
<p>http://www.tm4.org/mev.html</p>
<p>よりダウンロードできる。現在の最新版はv4.1である。</p>
<p>実行はJava+Java3Dが必要である。各Javaのバージョンは指定のものに会わせた方がよいようだ。</p>
</blockquote>
<p> </p>
<p>起動</p>
<blockquote>
<p>TMEV.batをクリックして起動する。</p>
<p>そうすると"MultiExperiment Viewer"というツールバーと"Multiple Array
Viewer"の二つのウインドウが開く。</p>
<p>"MultiExperiment Viewer"のFile->New Mulitiple Array Viewerであたらしい"Multiple
Array Viewer"を開く事ができる。</p>
</blockquote>
<p>用意するファイル</p>
<blockquote>
<p>メタボロームデータの場合、タブ区切りファイル形式で、列毎に各サンプルの代謝物量が並んだ形式にする。</p>
<p>１行目にサンプル名、ヘッダ</p>
<p>各代謝物の名前、保持時間の情報などは複数行にわたってよいが、左側に集まっている事。</p>
<p>ファイル名の拡張子は.txtにする。</p>
<p>欠損値はない方がよい。</p>
<p>例</p>
<p>Peak Nr Scan Nr Ret(umin) Mass Mass_Scan Pos_0101
Pos_0201 Pos_0301 Pos_0401<br />
29 144 1217733 102 102_ 144 6 50 37 6 <br />
30 170 1437550 102 102_ 170 6 68 5 27 <br />
33 162 2215483 103 103_ 262 86 218 188
218<br />
34 290 2452217 103 103_ 290 4 3 4 4<br />
37 164 1386833 104 104_ 164 3 5 3 4 <br />
38 261 2207033 104 104_ 261 3 5 31 4<br />
41 109 0921717 105 105_ 109 3 3 3 3 <br />
42 124 1048633 105 105_ 124 3 3 3 3<br />
43 261 2207033 105 105_ 261 3 19 16 <br />
44 344 2908783 105 105_ 344 3 3 3 3 </p>
</blockquote>
<p> </p>
<p>ファイルのオープン</p>
<blockquote>
<p>"Multiple Array Viewer"のFile->Load Dataを選択すると"Expression File
Loader"ウインドウが開く。</p>
<p>File Format Descriptions->Tab Deliminated, Multiple sample(TDMS)を選択。</p>
<p>左のエクスプローラーから該当するファイルを選択するとAvailable Filesのフィールドに該当するファイルが表示されるので選択する。</p>
<p>そうするとExpression Tableフィールドにファイルの左上の部分が表示される。</p>
<p>次に代謝物の含量のデータのもっとも左上のデータ(upper-leftmost expression data)をクリックする。</p>
<p>これは代謝物のアノテーションデータと代謝物含量データを区別するためである。</p>
<p>Loadボタンを読んでデータを読みこむ。</p>
<p>生データのヒートマップが表示される。</p>
</blockquote>
<p> </p>
<p>データのノーマライズ</p>
<blockquote>Log への変換等はAdjust Data->Log
Transformationで可能。画面は変化しないが、内部のデータは変換されている（低機能）。Undo機能はない。各代謝物間で正規化(Z変換)
する場合はAdjust Data->Gene/Row Adjustments->Normalize
Gene/Rowsで可能。<br /></blockquote>
<p>階層化クラスタリングの実行</p>
<blockquote>
<p>上部ツールバーよりHCLを選ぶ。メニューのAnalysis->Clustering->HCLでも可能</p>
<p>HCL:Hierarchical Clusteringウィンドウが開く。</p>
<p>代謝物間で実行したい場合はGene Tree</p>
<p>サンプル間で実行したい場合はSample Treeを選ぶ。</p>
<p>Distance metric SelectionはEuclidean
Distance（ユークリッド距離）がデフォルト。他にもいろいろあるので困らない（多機能）</p>
<p>Linkage Method SelectionはAverage linkage clusteringが無難。３法の違いは文献を参照のこと。</p>
<p>分析が終わると左のフィールドのAnalysis Results->HCLができる。そのなかのHCL Treeがグラフィカルな表示。</p>
</blockquote>
<p>データの調整</p>
<blockquote>
<p>ヒートマップの大きさの調整 Display->Set Element Size</p>
<p>色の変更 Display->Color Scheme</p>
<p>色調のスケールの変更 Display->Set Color Scale Limitsの</p>
<ul><li>Lower Limit</li>
<li>Midpoint Value</li>
<li>Upper Limit</li>
</ul><p>を入力（いちいちやらないといけない、低機能）</p>
<p>右端のラベルを変える->Gene/Row Labelsから選択</p>
</blockquote>
<p> </p>
<p>クラスター</p>
<blockquote>
<p>サンプルの集合をClusterとして定義できる。</p>
<p>方法１</p>
<p>HCLのデンドログラムからクラスターにしたい範囲を選択ー＞右クリックでStore Cluster, クラスター名、色を選択</p>
<p>方法２（最近発見）</p>
<p>メニューのUtilities->SearchをえらびSample Searchをうまく使うとクラスターを自由に設定できる。</p>
<p>設定したクラスターの色が下記PCAで表示される。</p>
</blockquote>
<p> </p>
<p>主成分分析</p>
<blockquote>
<p>ツールバーよりPCAを選択</p>
<p>Cluster Samplesを選ぶ。</p>
<p>OKを押す。</p>
<p>HCLのときと同じくウィンドウ左にPCAとして結果がでてくる。</p>
<p>３次元表示はJava 3Dが必要。</p>
</blockquote>
<p> </p>
<p>画像出力</p>
<blockquote>
<p>File->Save Imageで可能。拡張子は自分で入力する必要有り（低機能）</p>
</blockquote>
<p> </p>
<p> </p>
<p>TMeV4の使い方</p>
<p>2008.7.9 松田</p>
<p>TMeV4は多機能だが低機能なマイクロアレイデータの解析ソフトウェアである。</p>
<ul><li>無料で使えること</li>
<li>タブ区切りファイルが読み込める事</li>
<li>いろんな解析ができる</li>
<li>画像ファイルが書き出せる事</li>
</ul><p>などの利点があり、とりあえずデータの様子を見てみるのに大変便利である。</p>
<p>TMeVで当たりを付けてから、R, GeneSpring等のソフトできれいな図にするというのがよさそう。</p>
<p>以下にその簡単な使い方を紹介する。</p>
<p> </p>
<p>インストール</p>
<blockquote>
<p>http://www.tm4.org/mev.html</p>
<p>よりダウンロードできる。現在の最新版はv4.1である。</p>
<p>実行はJava+Java3Dが必要である。各Javaのバージョンは指定のものに会わせた方がよいようだ。</p>
</blockquote>
<p> </p>
<p>起動</p>
<blockquote>
<p>TMEV.batをクリックして起動する。</p>
<p>そうすると"MultiExperiment Viewer"というツールバーと"Multiple Array
Viewer"の二つのウインドウが開く。</p>
<p>"MultiExperiment Viewer"のFile->New Mulitiple Array Viewerであたらしい"Multiple
Array Viewer"を開く事ができる。</p>
</blockquote>
<p>用意するファイル</p>
<blockquote>
<p>メタボロームデータの場合、タブ区切りファイル形式で、列毎に各サンプルの代謝物量が並んだ形式にする。</p>
<p>１行目にサンプル名、ヘッダ</p>
<p>各代謝物の名前、保持時間の情報などは複数行にわたってよいが、左側に集まっている事。</p>
<p>ファイル名の拡張子は.txtにする。</p>
<p>欠損値はない方がよい。</p>
<p>例</p>
<p>Peak Nr Scan Nr Ret(umin) Mass Mass_Scan Pos_0101
Pos_0201 Pos_0301 Pos_0401<br />
29 144 1217733 102 102_ 144 6 50 37 6 <br />
30 170 1437550 102 102_ 170 6 68 5 27 <br />
33 162 2215483 103 103_ 262 86 218 188
218<br />
34 290 2452217 103 103_ 290 4 3 4 4<br />
37 164 1386833 104 104_ 164 3 5 3 4 <br />
38 261 2207033 104 104_ 261 3 5 31 4<br />
41 109 0921717 105 105_ 109 3 3 3 3 <br />
42 124 1048633 105 105_ 124 3 3 3 3<br />
43 261 2207033 105 105_ 261 3 19 16 <br />
44 344 2908783 105 105_ 344 3 3 3 3 </p>
</blockquote>
<p> </p>
<p>ファイルのオープン</p>
<blockquote>
<p>"Multiple Array Viewer"のFile->Load Dataを選択すると"Expression File
Loader"ウインドウが開く。</p>
<p>File Format Descriptions->Tab Deliminated, Multiple sample(TDMS)を選択。</p>
<p>左のエクスプローラーから該当するフォルダを選択するとAvailable Filesのフィールドに該当するファイルが表示されるので選択する。</p>
<p>そうするとExpression Tableフィールドにファイルの左上の部分が表示される。</p>
<p>次に代謝物の含量のデータのもっとも左上のデータ(upper-leftmost expression data)をクリックする。</p>
<p>これは代謝物のアノテーションデータと代謝物含量データを区別するためである。</p>
<p>Loadボタンを読んでデータを読みこむ。</p>
<p>生データのヒートマップが表示される。</p>
</blockquote>
<p> </p>
<p>データのノーマライズ</p>
<blockquote>Log への変換等はAdjust Data->Log
Transformationで可能。画面は変化しないが、内部のデータは変換されている（低機能）。Undo機能はない。各代謝物間で正規化(Z変換)
する場合はAdjust Data->Gene/Row Adjustments->Normalize
Gene/Rowsで可能。<br /></blockquote>
<p>階層化クラスタリングの実行</p>
<blockquote>
<p>上部ツールバーよりHCLを選ぶ。メニューのAnalysis->Clustering->HCLでも可能</p>
<p>HCL:Hierarchical Clusteringウィンドウが開く。</p>
<p>代謝物間で実行したい場合はGene Tree</p>
<p>サンプル間で実行したい場合はSample Treeを選ぶ。</p>
<p>Distance metric SelectionはEuclidean
Distance（ユークリッド距離）がデフォルト。他にもいろいろあるので困らない（多機能）</p>
<p>Linkage Method SelectionはAverage linkage clusteringが無難。３法の違いは文献を参照のこと。</p>
<p>分析が終わると左のフィールドのAnalysis Results->HCLができる。そのなかのHCL Treeがグラフィカルな表示。</p>
</blockquote>
<p>データの調整</p>
<blockquote>
<p>ヒートマップの大きさの調整 Display->Set Element Size</p>
<p>色の変更 Display->Color Scheme</p>
<p>色調のスケールの変更 Display->Set Color Scale Limitsの</p>
<ul><li>Lower Limit</li>
<li>Midpoint Value</li>
<li>Upper Limit</li>
</ul><p>を入力（いちいちやらないといけない、低機能）</p>
<p>右端のラベルを変える->Gene/Row Labelsから選択</p>
</blockquote>
<p> </p>
<p>クラスター</p>
<blockquote>
<p>サンプルの集合をClusterとして定義できる。</p>
<p>方法１</p>
<p>HCLのデンドログラムからクラスターにしたい範囲を選択ー＞右クリックでStore Cluster, クラスター名、色を選択</p>
<p>方法２（最近発見）</p>
<p>メニューのUtilities->SearchをえらびSample Searchをうまく使うとクラスターを自由に設定できる。</p>
<p>設定したクラスターの色が下記PCAで表示される。</p>
</blockquote>
<p> </p>
<p>主成分分析</p>
<blockquote>
<p>ツールバーよりPCAを選択</p>
<p>Cluster Samplesを選ぶ。</p>
<p>OKを押す。</p>
<p>HCLのときと同じくウィンドウ左にPCAとして結果がでてくる。</p>
<p>３次元表示はJava 3Dが必要。</p>
</blockquote>
<p> </p>
<p>画像出力</p>
<blockquote>
<p>File->Save Imageで可能。拡張子は自分で入力する必要有り（低機能）</p>
</blockquote>
<p> </p>
<p> </p>
