The permutation test


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"The Permutation Test is Used to Reduce the Probability of Finding False Marker-QTL Associations"を勝手に翻訳

2008.6.11

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引用文献

  • Churchill, G.A., and R.W. Doerge. 1994. Empirical threshold values for quantitative trait mapping. Genetics 138:963-971.
  • Knott, S.A. and C.S. Haley. 1992. Aspects of maximium likelihood methods for the mapping of quantitative trait loci in line crosses. Genet. Res. 60:139-151.
  • Lander, E.S. and D. Botstein. 1989. Mapping Mendelian factors underlying quantitative traits using RFLP linkage maps. Genetics 121:185-199.
  • Liu, B.H. 1998. Statistical Genomics: Linkage, mapping and QTL analysis. Pg. 570. CRC Press, Boca Raton.

あらすじ

1) 実験全体のタイプ1の誤り(type 1 error)の頻度は、ランダムに並べ替えたサンプル(random sample of permutations)を用いると求めることができる。 2)実験毎(experiment wise)の誤りの割合は、各々の実験によって異なる。実験毎の誤りに影響する要因には:サンプルの数、ゲノムサイズ、評価するマーカーの数、形質に影響するQTLの数、各QTLの形質への影響の大きさ、が含まれる。 3)つづく