江戸時代には、永代寺という富岡八幡宮の別当で江戸を代表する寺院があった。
明治時代になり、神仏分離令により廃寺となり、跡地が公園となった。
明治6年(1873年)の太政官布達によって、都内では
飛鳥山公園・
上野公園・
芝公園…・浅草公園と共に日本で最初に造られた公園の一つ。
1878年（明治11年）に深川公園の一部を永久に無償で借用し、
成田山新勝寺の別院「
深川不動堂」そ設置することが東京府により認められた。これは、江戸時代に、永代寺で
成田山新勝寺の出開帳がしばしば行われており、明治時代になっても不動尊信仰は止むことがなく、当地で不動尊に参拝したいという人々の願いによる。
1909年には東京都内では二番目の古さを誇る深川図書館(初代)が当公園内にできた。1923年に関東大震災で被害を受け、1928年に清澄庭園傍に移転した。
1975年に江東区に移管された。
